Ventilátor je jediným energeticky-komponentom vo vzduchotechnickej jednotke. Podobne ako pri bežných ventilátoroch by sa pri objednávaní mal vybrať vhodný typ ventilátora na základe vzťahu medzi prietokom vzduchu a tlakovou výškou, ako sú napríklad dopredu -zakrivené alebo dozadu-zakrivené lopatky, aby sa zabezpečila optimálna hlučnosť a účinnosť. V posledných rokoch preukázali profilové ventilátory dovezené zo zahraničia vysokú účinnosť.
S rozvojom výpočtovej techniky a zdokonaľovaním úrovní automatickej regulácie sa systémy s variabilným objemom vzduchu (VAV) čoraz častejšie používajú v kancelárskych budovách, čistých priestoroch, nemocniciach a iných prostrediach, čím sa kladú nové a vyššie nároky na výber ventilátorov prívodu a odvodu vzduchu do vzduchotechnických jednotiek. Po prvé, charakteristika ventilátora by mala mať hladkú krivku, aby systém zabránil zbytočnému zvýšeniu statického tlaku pri poklese prietoku vzduchu. Po druhé, vybratý ventilátor by mal fungovať v relatívne stabilnom,{2}}rozsahu vysokej účinnosti. Po tretie, vratné/výfukové ventilátory by mali byť rovnakého modelu alebo typu ako napájacie ventilátory a mali by mať podobné výkonové charakteristiky, aby sa zabezpečilo efektívne prispôsobenie celého systému počas prevádzky.
